El potencial de evolución genética del PCV2 es importante y comparable al de un virus ARN. Actualmente se conocen nueve genotipos del PCV2 (PCV2a/PCV2i), de los cuales (PCV2a-b-d) tienen difusión mundial y persistente. Se acepta que estos nueve genotipos constituyen un serotipo único.
Un estudio de secuenciación realizado en España por Zoetis (2021-2022) ha informado 61 casos de PCV2d sobre un total de 64 secuencias de PCV2 estudiadas. PCV2d es el genotipo con mayor prevalencia hoy en día, inicialmente lo fueron el PCV2a y más tarde el PCV2b.
PCV2d es el anteriormente denominado PCV2b mutante, la homología entre ambos es importante.
Las causas de evolución de la prevalencia de los distintos genotipos no están demostradas ni existe consenso hipotético sobre ello entre los especialistas, algunos argumentan que puede deberse a la presión inmune producida por la generalización de la vacunación PCV2a y también a la selección natural de genotipos que se produce en un escenario general de inmunidad muy elevada provocado por la eficacia de la vacunación masiva PCV2a (>85% de los cerdos terminados).
Quizás podría esperarse una mayor prevalencia PCV2a-b en poblaciones no vacunadas.
La mayoría de las vacunas comerciales frente a PCV2 están producidas con el genotipo PCV2a. La primera se comercializó en 2004 (CircoVac®, Merial).
La evolución genética del PCV2 ha generado un debate sobre la conveniencia de la renovación de las vacunas actuales, así lo recomiendan expertos reconocidos y el principio de mejora continua.
Según encuestas profesionales realizadas a veterinarios de campo, en los últimos tiempos se ha producido un aumento de casos de fracaso vacunal. También se han notificado brotes por PCV2d asociados a fallos vacunales PCV2a.
La homología entre genotipos es buena en la replicasa, las diferencias se dan en la cápside, donde la similitud entre PCV2a y PCV2b-d es del 91% y del 95% entre PCV2b y PCV2d.
El uso de vacunas que incluyan genotipos PCV2a-b tiene una cobertura inmunitaria más amplia y generalista PCV2a-b-d que la que ofrecen las vacunas monovalentes tradicionales PCV2a.
Más allá de la investigación, el genotipado del PCV2 presenta cada día mayor interés diagnóstico. Para evitar el secuenciado, el sentido práctico ha promovido el desarrollo de pruebas Real Time PCR de genotipado PCV2a-b-d que ya están disponibles.
PCV2a, PCV2b y PCV2d parecen las dianas más convenientes. Las dos primeras por perspectiva general e histórica y por su supuesta alta prevalencia en poblaciones no vacunadas. PCV2d por ser la de mayor prevalencia en el momento actual y por su especial interés para la prescripción vacunal (nuevas vacunas polivalentes, futura disponibilidad de monovalentes PCV2d ya existentes en USA y desarrollos en investigación MLV PCV2d).
Esta prueba se realiza en material genético que previamente ha sido analizado para PCV2 con resultado hallado POS (tejidos con carga viral PCV2 elevada o una muestra idónea escogida entre las de un seroperfil interpretado POS).